神經皮膚綜合征是一種遺傳性、先天性疾病，所以不可能用藥物徹底治愈，多采取對癥治療。如神纖維經瘤生長迅速且伴有疼痛，或出現占位癥狀（如脊柱側彎、頭疼等）時，應盡早施行手術解決；腦脊液循環受阻可手術治療；面部皮脂腺瘤可行整容術；出現癥狀性癲癇發作，可以用抗癲癇藥物控制發作；病人出現放射性或灼燒樣疼痛難以忍受時，治療上應用治療神經病理性疼痛的藥物減輕疼痛；出現顱內壓增高應用脫水劑降顱壓。
