對于具有神經系統癥狀的全身性紅斑狼瘡多采用糖皮質激素治療如潑尼松（強的松）。但大劑量應用激素可引起功能性精神病的發生，并且由于降低了機體抗炎能力，有的患者因感染導致死亡。
對環磷酰胺治療有較多爭議，但多數研究認為大劑量環磷酰胺可使SLE得到緩解。血漿置換也有較好的效果。
活動期應積極治療，使其緩解；緩解期應調整用藥，減少藥物副作用，防止疾病復發。每一個患者對藥物的治療反應都不同，所以治療方案和藥物的劑量必須個體化。治療了一個階段以后，把藥物控制在合適的劑量以防疾病復發。
不論病情控制與否，都要作長期隨訪，按病情每隔1～12個月全面檢查1次，病情長期緩解者可試停藥。
