1、感染性腸炎需尋找病原體，進行針對性抗感染治療。
難辨索狀芽孢桿菌感染首選抗生素為甲硝唑、萬古霉素、非達霉素。糞菌移植（Fecal microbiota transplantation，FMT）治療難辨索狀芽孢桿菌感染有效率達90%以上，被列入美國臨床醫學指南，用于第二次復發抗生素治療無效的難辨索狀芽孢桿菌感染的治療。其他抗生素相關腹瀉也是FMT治療的有效適應癥。現如今“中華糞菌庫”已經對全國范圍內的難辨梭狀芽胞桿菌感染、抗生素相關性腹瀉、難治性的耐藥菌感染進行緊急救援治療 [2]。
2、潰瘍性結腸炎、克羅恩病的治療需根據病情嚴重程度和病變部位選擇合適的治療方案。常規治療方案包括5-ASAs制劑、激素、免疫抑制劑、生物制劑等。FMT也被臨床研究證實對炎癥性腸病具有很好的治療價值，常規治療無效、激素依賴的難治性炎癥性腸病患者可考慮使用FMT治療。有研究報道攝入豬鞭蟲卵可誘導潰瘍性結腸炎和克羅恩病臨床緩解，其機制可能與調節腸道免疫有關，但還需要更多的臨床研究來證實。
3、其他原因所致的結腸潰瘍需根據不同的病因進行針對性治療。