結腸過敏癥的治療，不能單純依靠某種特定的中西藥物來達到治愈的目的，關鍵在于解決思想矛盾。當病情確診以后，要向患者進行耐心細致的解釋，說明本病的性質、發病機制、病程和預防，消除各種顧慮，提高治療的信心。除因嚴重腹痛和腹瀉給予短期休息外，一般可參加普通工作，并加強體育鍛煉，增強體質，特別是要經常參加一些有益的文娛活動，以促進神經和內臟功能的調整和修復。生活上要有規律，飲食上以少、清、易消化食物為主，避免刺激性食物及味道濃烈的調味品，如辣椒、酒、芥末油等；不食生冷油膩食品，盡量少吸或不吸煙。有便秘者，鼓勵進食多纖維的蔬菜，養成定時排便的規律，必要時加服一些藥物對癥治療。
如果遇到精神緊張或惱怒、抑郁即發生腹痛、腹瀉并伴有胸悶脅脹、噯氣、少食者，可用黨參、白術、云苓、白芍、防風、青皮、柴胡、枳實、甘草等水煎服，早晚一次，本方對腸道過敏癥療效較好，一般2～4劑可控制癥狀。西藥可選用安定或利眠寧、苯巴比妥、谷維素，根據情況任選一種。口服654-2片、阿托品、普魯苯辛或顛茄片等，臨時任選一種，可以緩解腹痛和腸痙攣；如果腹瀉和糞便黏液較多，可用一些抗膽堿能的藥物，并與次碳酸鉍或膠狀氫氧化鋁合用；對于嚴重的腹瀉，特別是神經性腹瀉，可服復方苯乙呱啶（止瀉寧），效果尚可，副反應極少，但有肝病者或嬰兒應慎用。
