首先治療原發病及去除誘發因素，如停用抗生素、激素及免疫抑制劑等。加強支持療法，增強機體免疫功能。在治療原發病，增強免疫力，去除易患因素后，輕癥病人可自然好轉；有免疫抑制者可給兩性霉素B 5～10mg加入蒸餾水10ml霧化吸入，每天2～3次；或口服酮康唑0.2～0.4/d。病情較重者用氟康唑200mg/d，靜脈滴注，療程2～4周或視病情而定。對合并菌血癥、疑有血源播散，首選兩性霉素B每天0.4mg/kg，靜脈滴注，總量1～1.5g。病情兇險或有休克宜盡快加大劑量，以達到最大耐受劑量，并合用氟胞嘧啶（5-氟胞嘧啶）每天50～100mg/kg，以提高療效，減緩耐藥產生。氟康唑、依曲康唑也有滿意療效，常用于不能耐受兩性霉素B或治療失敗者。近來主張對長期粒細胞低下或骨髓抑制患者應用氟康唑400mg/d或兩性霉素B 0.5mg/kg， 2次/周，可有效預防播散性念珠菌病。