腦栓塞的治療應包括對于原發病即栓子來源器官病變的治療和腦栓塞的治療兩部分。腦栓塞的治療主要在于改善腦循環，減輕缺血缺氧所致的腦損害。各種治療措施與腦梗死大致相同，由于腦栓塞極易發生梗死后出血，故抗凝治療必須慎重。
1.一般處理
①臥床及鎮靜處理。②保持呼吸道通暢和心臟功能。③注意營養狀況，保持水和電解質的平衡。④加強護理防止肺炎、泌尿系感染和褥瘡等并發證的發生。
2.脫水降顱壓
是治療腦栓塞的主要措施之一，目的在于減輕腦水腫，防止腦疝形成，以降低病死率。常用的是高滲脫水劑、利尿藥和腎上腺皮質激素。
3.血管擴張藥
若有意識障礙、顱內壓增高或腦脊液有紅細胞，禁忌應用血管擴張藥；病程已超過24小時或心功能不全者，也不宜使用。
4.抗血小板聚集劑
阻止血小板的聚集，有助于預防心內新血栓的形成，防止血管內血栓繼續增殖擴展，故在腦栓塞發病后就必須重視使用抗血小板聚集劑。
5.抗凝及溶栓治療
應用抗凝及溶栓療法，比動脈粥樣硬化性腦梗死的適應證更嚴格，考慮溶栓劑易發生出血的并發證，應特別慎用。由于臨床上心源性腦栓塞最多見，為預防心內形成新血栓以杜絕栓子的來源，同時防止腦血管內的栓子或母血栓繼續增大，以避免腦梗死范圍擴大，多采用抗凝治療。炎癥性病變所致的腦栓塞，如亞急性感染性心內膜炎等，禁忌應用。通常在嚴格觀察出、凝血時間，凝血酶原活動度和時間的條件下，先給予肝素鈣（低分子肝素）治療，也可選用新雙豆素，劑量應隨時調整。
6.頸星狀交感神經節封閉
部分專家建議頸星狀交感神經節封閉能減輕腦栓塞的癥狀。操作簡易，無需特殊的器械和藥物，故常被采用。但是治療應早期進行，開始越早，療效就越佳，臨床常見在起病24小時內封閉可明顯好轉。嚴重肺氣腫者禁用，如患者已開始抗凝治療也不宜使用。
7.神經保護劑
常用的神經保護劑有：①鈣通道阻滯藥；②興奮性氨基酸受體拮抗藥；③自由基清除劑；④神經營養因子；⑤神經節苷脂等。
8.亞低溫治療
在急性期，如條件允許可考慮適當早期給予亞低溫治療。亞低溫對缺血性的腦損傷亦有肯定意義，不但減輕梗死后的病理損害程度，而且能促進神經功能恢復，并不產生嚴重的并發證。盡量在發病6小時內給予。
9.康復治療
宜早期開始，病情穩定后，積極進行康復知識和一般訓練方法的教育，鼓勵患者樹立恢復生活自理的信心，配合醫療和康復工作，爭取早日恢復，同時輔以針灸、按摩、理療等，以減輕病殘率提高生存質量。
10.其他治療
①調整血壓；②腦代謝賦活劑；③抗感染治療；④氣栓處理。
