1.藥物治療
（1）吡喹酮 系一種廣譜的抗蠕蟲藥物，對囊蟲亦有良好的治療作用。服藥后囊蟲可出現腫脹、變性及壞死，導致囊蟲周圍腦組織的炎癥反應及過敏反應，有的患者還可出現程度不等的腦水腫，腦脊液壓力與細胞數增高，嚴重者甚至發生顱內壓增高危象。
（2）丙硫咪唑 亦系廣譜抗蠕蟲藥物。常見的毒副反應有皮膚瘙癢、蕁麻疹、頭昏、發熱、癲癇發作和顱內壓增高。
（3）甲苯咪唑 常見的毒副反應有腹痛、腹瀉、皮膚瘙癢和頭痛等。
為了減免抗囊蟲治療過程中在體內大量死亡所引起的過敏反應，一般均從小劑量開始，逐漸加量。在出現顱內壓增高的癥狀后應及時用甘露醇等脫水藥物治療，還應酌情并用類固醇激素等。如發生嚴重顱內增高，除及時停用抗囊蟲藥物及脫水、抗過敏處理外，還可應用顳肌下減壓術，以防止顱內壓增高危象。
2.手術治療
確診為腦室型者應手術治療。其次，對顱內壓持續增高，神經體征及CT證實病灶甚局限的患者亦可考慮手術治療。
3.驅絳蟲治療
對腸道仍有絳蟲寄生者，為防止自身再次感染，應行驅絳蟲治療。常用的藥物為滅絳靈（氯硝柳胺），嚼碎后一次吞服，服藥后3～4小時應予瀉藥一次以排出節片及蟲卵。