1.腦室炎的治療至今仍是棘手問題，一旦發病，多需腦室置管持續沖洗引流，配合全身用藥，同時積極治療病因。
2.一般應盡快通過腰穿或腦室穿刺腦脊液外引流查明致病菌，根據藥物敏感試驗結果選擇敏感且能透過血腦屏障的抗生素。
3.腦室置管持續沖洗引流的優點：①腦室內及蛛網膜下腔保持有效藥物濃度，作用持續；②持續外引流可降低顱內壓，并且沖洗、引流出炎性物質及蛋白，減輕毒素反應，防止蛛網膜炎性粘連；③可隨時留取腦脊液標本做檢驗，指導治療。
4.如為引流時間過久引起感染者，應立即將先前置入腦室的引流管或分流管拔除，于對側重新置管引流，必要時同時行腰椎置管引流。
5.如腦室系統阻塞或藥敏試驗的敏感藥物通過血腦屏障較差時，則應在全身用藥的同時，反復行腦室穿刺引流，并經腦室內給藥，必要時需行雙管沖洗引流，直到引流液轉清，癥狀好轉，細菌培養陰性及白細胞數正常之后，始可拔管。
6.位于腦深部接近腦室的膿腫，必要時需緊急開顱切除膿腫，用抗菌鹽水徹底沖洗腦室，并置管行腦室外持續引流，同時，全身加強抗菌治療。