1.初始治療
（1）應盡快找到導致發生腹膜炎的病因，詳細了解是否有排便習慣改變，有無腹膜炎或管道相關感染史等。
（2）一旦出現引流液混濁，應立即給予廣譜強效抗生素治療，對引流液混濁的患者，在腹透液中加入肝素，有助于防止纖維蛋白阻塞管路。經驗性抗生素必須覆蓋革蘭陽性菌和革蘭陰性菌。萬古霉素或頭孢菌素可能覆蓋革蘭陽性菌，三代頭孢菌素或氨基糖苷用于革蘭陰性菌。在腹膜炎治療，腹腔應用抗生素優于靜脈給藥，間斷和持續給藥效果相同，間歇給藥的換液留置時間必須在6小時以上。在腹膜透析早期，輕微腹膜炎如由表皮葡萄球菌引起，口服頭孢菌素治療有效，但不適用于嚴重的腹膜炎。持續腹腔灌洗通常用于感染性休克和腹膜透析引流液嚴重混濁的患者。
2.后續治療
一旦得到培養結果和藥敏，抗生素治療應適當調整為窄譜。初次治療48小時內，大多數患者會有很大的臨床改善，抗生素使用療程14~21天。應每天觀察引流液是否變為清亮。如果48小時后沒有改善，應做細胞計數檢查和再次細菌培養。實驗室可用抗生素清除技術處理引流液，盡量得到最佳培養結果。真菌性腹膜炎患者常需立即拔管，繼續抗真菌治療至少10天，建議1~2個月后可考慮重新置管。難治性腹膜炎患者也需盡快拔管，全身使用抗生素繼續控制感染，必要時借助血液透析維持透析治療，否則將導致腹膜功能衰竭和增加患者死亡風險。
復發性腹膜炎患者若腹水白細胞計數<100×106/L，可拔管并在原位重置新管，這可使許多患者避免轉為血液透析。