小的異位甲狀腺對功能影響不大時可不必治療。較大且對對功能有一定影響的舌甲狀腺可先試用藥物治療：可用復方碘溶液(Lugol液)；也可用甲狀腺素行取代性抑制治療，以縮小體積，緩解癥狀。過大且影響功能、已有瘤變或癌變者，則應行手術治療。通常根據頸部有無甲狀腺來決定切除量的多少。對頸部尚有甲狀腺組織殘留的舌副甲狀腺可以行全切除術，對頸部無甲狀腺組織的舌迷走甲狀腺則只能行大部切除術；如必須全切除時，可將切下的甲狀腺埋藏在胸鎖乳突肌下，或行帶蒂轉移，后者存活的可能性更大。
