由于重疊綜合征的本質尚不清楚，其治療方法也有待研究。以系統性紅斑狼瘡、類風濕性關節炎或系統性硬皮病為中心病的重疊綜合征，其免疫異常顯著，臨床癥狀明顯，常呈現壞死性血管炎的病理特點。一般均采用大劑量激素治療，也有合并應用免疫抑制劑者。對于類風濕性關節炎相關重疊綜合征出現嚴重的關節畸形，可行適當的手術矯形，以助病變關節恢復功能。對與結締組織病近緣性疾病重疊的患者，則應遵循相重疊的兩個原發病的治療原則，既針對疾病本質進行免疫抑制治療，也應注意對病變器官的對癥處理。對各型重疊綜合征病人進行生活指導，如防止受寒，避免感染和疲勞等，均很重要。