非典型溶血性尿毒癥綜合征的治療方法主要包括對癥支持、藥物、血漿置換、腎移植手術等。
1.對癥支持治療
對癥支持治療包括抗感染、補充營養、輸注紅細胞和血小板、維持水和電解質平衡，必要時透析等。
（1）針對急性腎損傷治療
除強調休息、嚴格控制入水量，積極治療高血壓等，提倡盡早進行透析治療，首選腹膜透析。
（2）糾正貧血和血小板減少
一般主張按需求輸血，嚴重貧血時輸注紅細胞；當有明顯出血表現或需進行侵入性操作時輸注血小板；但需要注意的是，輸注血小板可能會加重微血栓形成，一般情況下不建議輸注。
2.藥物治療
依庫珠單抗是人源化C5單克隆抗體，有減輕血管內皮損傷、血栓形成和腎損傷的效果。
3.血漿置換
血漿置換可幫助清除有缺陷的補體蛋白和自身抗體，補充正常的補體蛋白，改善腎功能及血液情況。
4.腎移植
當上述治療無效且逐漸出現慢性腎衰竭時可考慮進行腎臟移植，但腎移植后可再發本病。