1.顯微鏡檢查 尿沉渣或分泌物鏡檢可找到假菌絲或孢子；革蘭染色菌絲，孢子呈藍色，著色不均；過碘酸染色菌絲，孢子呈紅色；1/1000吖啶橙染色菌體在熒光顯微鏡下呈亮綠色。
2.尿培養 念珠菌在培養基內呈芽生孢子，尿培養菌落>1000個/ml時可診斷為急性泌尿系統感染。
3.血清學試驗 可做念珠菌抗體檢測，但對一次陽性結果無診斷意義，應對一段時間內定期獲得的血清標本檢測，抗體滴度高或滴度逐漸升高有一定診斷意義，近年來，在一些專業的實驗室內采用免疫印跡法可進行一些念珠菌抗原(如一種烯醇酶的48-KDa抗原和一個90-KDa熱休克蛋白產物47-KDa抗原)檢測。
X線檢查：腎臟真菌感染，腎盂內出現真菌團塊時，IVU和逆行腎盂造影檢查可見腎盂內充盈缺損改變，活體組織檢查和真菌球病理檢查可找到假菌絲或孢子。