鑒別
1.腎盂癌 可有腎積水，尿路造影顯示出腎盂充盈缺損與腎臟真菌感染有相似之處，但腎盂癌病人多有全程性，無痛性肉眼血尿，易通過B超，CT檢查發現腎盂內占位病變，輸尿管鏡，膀胱鏡檢查可見腎盂腫瘤以及膀胱種植的腫瘤。
2.急性腎盂腎炎 亦有發熱，腰痛，血尿等臨床表現，但無消耗性疾病史，無尿“真菌球”病史，尿沉渣涂片和尿培養可發現致病細菌，但無真菌絲和真菌生長。
3.泌尿系陰性結石 真菌感染時，因尿中排出白色真菌塊引起急性輸尿管梗阻，而導致腎絞痛發作，有時易誤認為泌尿系陰性結石，但尿沉渣中不能查見假菌絲及孢子，有時可查到尿鹽結晶，B超檢查可見結石強光團伴聲影，如能收集到真菌球，做病理檢查可明確診斷。
4.慢性膀胱炎 有反復發作的膀胱刺激癥狀，與真菌性膀胱炎有相似之處，但尿液中一般無白色塊狀物漂浮或沉淀，尿沉渣鏡檢僅看到白細胞，膿細胞或紅細胞，無真菌孢子和菌絲，中段尿培養有非特異性細菌生長，依此可加以鑒別。
并發癥
腎臟感染常導致膿腫形成，在較少的情況下，可形成菌絲團塊阻塞腎盂或輸尿管導致腎盂積水或無尿。由于囊內壓力增高，腎小球的率過濾降低，故肌酐以及尿素氮的清除率降低，可引起腎功能不全，嚴重病例可能導致腎功能衰竭，當患者出現少尿、無尿等癥狀時應注意監測腎功能。