ELISA中的主要試劑成份如抗原、抗體、酶結合物、底物等，如制備不當或保存不妥，均易變質失活。ELISA的步驟多，操作如不合規范，難于得到準確的結果。因此為保證檢測的有效性，每次試驗必須進行質量控制。優良的試劑盒中提供的陽性對照和陰性對照一般可作為試驗的質控品，按其說明操作，從所得的吸光度值可以判斷試驗的有效性。以臨床檢驗中最常用的HBsAg檢測為例，試劑盒中的陰性對照應為HBsAg陰性的人血清，陽性對照應標明HBsAg含量(例如9±2ng/ml)。每批試驗應同時作3份陰性對照和二份陽性對照。陰性對照測定所得吸光度值應小于某一數值(例如0.100)，而陽性對照吸光度均值減去陰性對照吸光度均值應大干某一數值(例如0.200)。這些數值為該試劑盒在規定的測定條件下，特定的實驗值。因此如測定結果符合要求，既表明所用試劑的有效性，又表明操作的正確性，只有在這種情況下，該批試驗方為有效。
有的試劑盒中所含陽性對照和陰性對照不符合作為質控品的要求，或實驗室的測定條件如比色計等，與試劑盒說明中的不同，則應根據實際情況采用合適的質控品和從實驗得出的本實驗室的質控值。商品的質控血清價格昂貴。定性測定ELISA的質控品一般可自行制備。仍以HBsAg檢測為例。陰性對照可取自用高質量試劑檢測為HBsAg陰性的獻血員。陽性對照的制備可在陰性對照血清中加入適量的HBsAg陽性血清，將此混合血清與參照標準品或定量質控品作對比測定，標定其HBsAg含量。然后進行適當的稀釋，得到所需濃度的HBsAg陽性血清，再加入適量抗菌防腐劑如慶大霉素和柳硫汞后，分裝低溫凍存。