細胞分選
流式細胞儀能夠分選某一亞群細胞,分選純度＞95%。目前細胞分選主要用于研究，臨床應用較少。血液學應用最多的是造血干細胞的研究，最近隨著造血理論的深入研究關于造血干細胞究竟是否都是CD34+細胞出現一些爭論,實驗研究證明, CD34-造血干細胞較CD34+造血干細胞更具造血潛能,這些實驗研究所用的CD34- 和CD34+細胞就是通過細胞分選獲得的。小鼠造血干細胞分選一般按lin-c-Kit+CD34+/ lin-c-Kit+CD34-分選,人造血干細胞分選一般按lin-CD34+/ lin-CD34-分選。
為避免某些遺傳性血液病如海洋性貧血、異常血紅蛋白病的純合子出生，產前診斷非常重要，這些疾病的主要靶細胞是紅細胞，而孕婦血循環中存在著胎兒有核紅細胞，只是數量非常少，利用流式細胞儀可從孕婦血液中分選出胎兒有核紅細胞（分選條件：CD45-GPA+）進行基因分析，作出產前診斷。
利用流式細胞儀分選免疫擔當細胞進行細胞免疫學研究也是目前的熱門課題。總之，流式細胞儀能夠分選出你想得到的任何一亞群細胞，只要你想得到的某一亞群細胞有合適的單克隆抗體標記，流式細胞儀的分選功能將得到越來越多的科學研究和臨床應用。
其他
流式細胞儀可能在兩方面對骨髓增生異常綜合癥（MDS）有用，一是測定CD34陽性細胞數，以監測病情，二是測定核蛋白增殖因子（PCNA）,有報告PCNA再在生障礙性貧血、骨髓增生異常綜合癥、白血病三種疾病中表達有明顯差異，可輔助鑒別診斷。
此外流式細胞儀也可檢耐藥蛋白,如肺耐藥相關蛋白（LRP）、多藥耐藥蛋白（MRP）、P170等。
流式細胞儀也可檢測細胞因子，細胞內細胞因子如白介素系列（IL-1—IL-14）,腫瘤壞死因子(TNF),干擾素(IFN)等,只要用適當的打孔劑即可用抗上述細胞因子單克隆抗體標記后用流式細胞儀測定。