流式細胞術（flow cytometry,FCM）越來越廣泛的應用在臨床檢驗中。由于臨床檢驗本身的性質，它要求臨床檢驗的管理者和操作人員必須把好常規操作已經結果分析的質量關。同時還必須懂得如何判斷分是在控還是失控。作為臨床檢驗工作，其工作的質量標準就是使檢驗的結果最佳地符合病人有無病變的實際情況。
在臨床檢驗中分為分析前、分析中、分析后的質量控制。分析前的質量控制主要內容是標本采集、保存和傳送等；分析中的質量控制即實驗操作過程的控制；分析后的質量控制主要是對數據結果的處理，對檢驗結果的可信度評價和及時將報告送給臨床并聽取反饋意見。
為此，從臨床醫師開出化驗單，直至拿到檢驗報告的整個過程都在質量控制的范疇之中，即所謂全程質量控制。它包括質量保證、質量控制和質量評估。質量保證，指圍繞所有的步驟，監測和評估實驗室規章制度與操作流程的效力。主要利用質量控制和質量評估。
質量控制指建立一套完善的實驗室監控方法，保證結果的可靠性，提高準確度、精密度、重復性和室間結果的可比性。對于一個實驗，應建立一套包括各種可變因素（儀器設備、樣本處理、試劑、操作過程、數據分析等）的操作規程。
質量評估是由一個區域性的、國家的或國際性的機構，組織通過一系列的方法來比較實驗室內或不同實驗室之間的結果而建立的一套評價系統。其主要目的是建立室間和儀器設備之間的可比性。當一個標準品或參考標準存在時，質量評估通常被稱為熟練度測試。因此，嚴格的質量控制是先進的臨床檢驗分析技術真正發揮作用的保證。
FCM作為一項先進的檢測技術，對質量控制自然也不例外。目前，FCM應用于臨床檢驗的項目主要集中在幾個方面：1，免疫表型分析，包括外周血淋巴細胞表型分析、白血病/淋巴瘤免疫分型、血小板膜糖蛋白分析、HLA-B27檢測、陣發性血紅蛋白尿（PNH）的檢測等等。2，細胞DNA、RNA檢測及細胞周期分析，包括DNA倍體檢測、細胞周期分析、網織紅細胞檢測、網織血小板檢測等等。3，定量分析，包括愛滋病劃分中外周血CD4的絕對定量、OKT3治療監測中CD3的絕對定量干細胞移植中的CD34的定量等等。FCM實驗的質量控制自然也包括儀器設備、樣本處理、試劑、操作過程、數據分析等整個實驗過程的質控。
一、流式細胞儀的校準
流式細胞儀的校準包括流路的穩定性、光路的穩定性、多色標記熒光顏色補償、光電倍增管轉換的線性和穩定性。對儀器的校準主要是利用標準微球進行監測。聚苯乙烯可以被做成各種大小的微球，也可被熒光標記或者擁有定量免疫球蛋白的結合位點。這種制成固定熒光強度、大小和光散射性的聚苯乙烯微球，已成為流式質控中的一個常用的標準品。BECKMAN COULTER公司擁有儀器校準所需全部標準微球（見表一）。另外，在顏色補償方面，BECKMAN COULTER公司的流式細胞儀除了可以用標準補償試劑來完成外，還可以直接利用生物樣品進行自動顏色補償，這使多色標記變得非常容易。BECKMAN COULTER公司的流式細胞儀所帶的全程質控軟件，使日常儀器性能的質控以及質量控制評估都可自動完成。