1.血象 白細胞總數明顯增加，一般在20000/mm3左右，高者達40000/mm3或以上，中性粒細胞占80%～90%。
2.腦脊液檢查 病程初期僅有壓力增高，外觀正常。典型腦膜炎期，壓力高達1.96kPa以上，外觀呈混濁或膿樣，白細胞數達每立方毫米數千至數萬，以中性粒細胞為主，蛋白質含量顯著提高，而糖含量明顯減少，有時可完全測不出，氯化物降低，若臨床有腦膜炎癥狀及體征而早期腦脊液檢查正常，應于12～24小時后復驗。流腦經抗菌藥物治療后，腦脊液改變可不典型。
3.細菌學檢查
（1）涂片檢查 用針尖刺破皮膚瘀點，擠出少許血液及組織液，涂片染色后鏡檢，陽性率高達80%以上，腦脊液沉淀涂片的陽性率為60%～70%。腦脊液不宜擱置太久，否則病原菌易自溶而影響檢出。
（2）細菌培養 血培養在流腦時陽性率較低，但血培養對普通型流腦敗血癥期、暴發型敗血癥及慢性腦膜炎球菌敗血癥診斷甚為重要，故必須注意在應用抗菌藥物前采血作細菌培養，并宜多次采血送驗。腦脊液應于無菌試管內離心，取沉渣直接接種于巧克力瓊脂上，同時注入葡萄糖肉湯中，在5%～10%二氧化碳環境下培養。
4.免疫學試驗
是近年來開展的流腦快速診斷方法。腦脊液中抗原的檢測有利于早期診斷，其敏感性高，特異性強，目前臨床常用的抗原檢測方法有對流免疫電泳、乳膠凝集、反向間接血凝試驗、菌體協同凝集試驗、放射免疫法、酶聯免疫吸附試驗等。對流免疫電泳的陽性率在80%以上，乳膠凝集試驗陽性率為85%～93%，協同凝集試驗檢測A群及C群的陽性率亦較高；反向間接血凝試驗的陽性率為94.2%（腦脊液）及78.8%（血液），酶聯免疫吸附試驗檢測A群抗原的靈敏度較反向間接血凝試驗為高，抗體檢測不能作為早期診斷方法，且敏感性與特異性均較差，故臨床應用日漸減少。對流免疫電泳法、放射免疫測定法、間接血凝試驗，如恢復期血清效價大于急性期4倍以上，則有診斷價值。