測量不確定度和最佳測量能力的不同主要體現在：

（1）定義不同

JJF1059—1999《測量不確定度評定與表示》對測量不確定度的定義是“表征合理地賦予被測量之值的分散性，與測量結果相聯系的參數。”

JJF1104—2003《國家計量檢定系統表編寫規則》對最佳測量能力的定義是：“通常提供給顧客的最高測量水平，它用包含因子k=2（或置信概率p=95%）的擴展不確定度表示。”

（2）測量不確定度和最佳測量能力的針對性不同

測量不確定度是針對測量結果的，每一個測量結果都有它的測量不確定度，即測量不確定度是衡量測量結果可靠性的參數，不適合于表征測量儀器。而最佳測量能力是對某一個校準項目而言的。是設備、人員、環境等條件都符合規程或規范的要求，而被校準對象又是比較理想的情況下所得測量結果的不確定度。因此，對大多數校準而言，所報告的不確定度應比最佳測量能力大。

（3）關于評定方法的差異

籠統地談測量不確定度，用于一般概念，只有測量不確定度前面被冠以限定詞，比如合成不確定度、擴展不確定度時，表示某一特定的測量結果的不確定度，因此在評定時需要具體說明。

最佳測量能力以擴展不確定度的形式表示，通常包含因子k=2。如果合成標準不確定度不服從正態分布，包含因子就不是2了。例如，若為均勻分布，對應于95%置信概率的k為1.65。根據計量法實施細則，計量基準器具和計量標準器具均需要運行在規定的條件下，計量標準作為整體，準確度體現為最佳測量能力，作為標準器，體現為復現或保存量值的不確定度。由此可見表示最佳測量能力的不確定度是一種特定的不確定度，對它的分析評定同樣遵循JJF1059規定的方法。

在實驗室認可工作中，實驗室出具的校準證書應包括測量結果的測量不確定度，在申報認可項目時，應給出校準項目的最佳測量能力。