海馬因其擬態適應特性，習性也較特殊，喜棲於藻叢或海韭菜繁生的潮下帶海區。性甚懶惰，常以卷曲的尾部纏附於海藻的莖枝之上，有時也倒掛於漂浮著的海藻或其他物體上，隨波逐流。即使為了攝食或其他原因暫時離開纏附物，游泳一段距離之后，又找到其他物體附著之上。海馬的游泳姿勢十分優美，魚體直立水中，完全賴以背鰭和胸鰭高頻率地作波狀擺動（每秒鐘10次）而作緩慢的游動（每分鐘僅達1-3m）。海馬的活動一般多白天（上午和下午），晚上則呈靜止狀態。海馬在水質變劣、氧氣不足或受敵害侵襲時，往往因咽肌收縮而發出咯咯的響聲，這給養殖者發出“求救”的信號，但在攝食水面上的餌料時也會發聲，應加以區別。生活在水深10m-30m深的水域。