液相色譜中使用的基本概念：保留值、塔數、塔高、分離度、選擇性等與氣相色譜一致。液相色譜中使用的基本理論：板理論和速率方程也與氣相色譜基本相同，但因為液體是在液相色譜中使用，而不是在氣相色譜中作為流動相的氣體，液體和氣體的性質是不一樣的。此外液相色譜法使用的設備和操作條件也與氣相色譜法不同因此液相色譜法和氣相色譜法有一定的區別。
主要有以下幾個方面：
1，氣相色譜的不同操作條件和應用范圍，這是一種升溫操作。對高沸點化合物、非揮發性物質、熱不穩定的化合物、離子化合物和聚合物的分離和分析更難只分析那些在工作溫度下不分解就能汽化的物質。因此，其適用在一定程度上受到限制。據統計，只有約20%的機械可以用氣相色譜儀分析。液相色譜儀是室溫操作，不受樣品的揮發性和熱穩定性的限制。它非常適合分離和分析分子量相對較大、難以汽化、非揮發性或熱敏的物質、離子化合物和聚合物。約70%至80%的有機物。
2，液相色譜可以完成較困難的分離工作
(1)氣相色譜儀的流動相載體氣體是惰性的，不參與分配平衡過程。它與樣品分子和作用無關。樣品分子主要與固定相相互作用。在液相色譜儀中，流動相的液體也與樣品分子的固定相競爭，增加了一個增加選擇性的因素。或者，可以選擇兩個或多個不同比例的液相，以增加分離的選擇性。
(2)液相色譜儀有多種固定相，如離子交換色譜法和發射阻力色譜法等。作為分析，有很多選擇；氣相色譜法是不可能的。
(3)液相色譜儀通常在室溫下操作，較低的溫度一般有利于選擇色譜分離條件。
(4)由于液體的擴散比氣體的擴散小105倍，溶質在液相中的質量轉移速度緩慢，而且體積外效應特別重要；在氣相色譜儀中，柱的外圍面積造成的膨脹可以忽略不計。
(5)在液相色譜儀中，制備樣品簡單，回收樣品相對容易，回收量大，適合大量制備，但液相色譜儀仍缺乏通用的檢測器，既復雜又昂貴。在實際應用中，這兩種技術是相輔相成的。
總之，液相色譜具有柱效率高、選擇性高、靈敏度高、分析速度快、重復性好、應用廣泛等優點。