相同：兼具分離和分析功能,均可以在線檢測
主要差別：
（1）操作條件差別
（2）進樣方式差別
（3）檢測器差別
（4）流動相差別
（5）分析對象差別
詳細：
（1）操作條件差別 GC：加溫操作 HPLC：通常室溫操作,高壓泵操作
（2）進樣方式差別 GC：樣品需加熱氣化或裂解 HPLC：樣品制成溶液即可
（3）檢測器差別 GC：通用型檢測器 TCD,MSD
選擇性檢測器 FID,ECD,FPD,NPD
HPLC：通用型檢測器 RID,ELSD,MSD
選擇性檢測器 UVD,PDAD,FD,ECD
4）流動相差別
GC：流動相為惰性氣體,組分與流動相無親合力
HPLC：流動相為液體,流動相與組分間具親合力,這為提高柱選擇性、改善分離增加了因素 ,且流動相種類較多,選擇余地廣； 流動相極性和pH值選擇對分離起重要作用,選不同比例兩種以上液體作為流動相可以 增大選擇性.
（5）分析對象差別
GC：
分析低分子量、低沸點有機化合物和永久性氣體；
配合程序升溫分析高沸點有機化合物；
配合裂解技術分析高聚物；
不能檢測揮發性差、熱穩定性差和離子型樣品；
占有機物的20% .
HPLC：
既可分析低分子量、低沸點有機化合物；
也可分析中、高分子量和高沸點有機化合物；
對于熱不穩定、難揮發、有生物活性及離子型化合物 均可檢測；
占有機物的80% .