熒光標記的特異性及可定量性。
共聚焦針孔的運用，有效的消除了焦平面上下散射光，提高軸向分辨率。
點光源激光的應用，對熒光素能達到有效的激發，激發的特異性高，降低對熒光的淬滅，增強側向分辨率。
雙光子的應用，相對較低平均功率的紅外激發，大大減低對活細胞的損傷；熒光激發高度聚焦在焦點處，可避免了焦點以外的光漂白（Photobleaching）和光毒（cytotoxicity）作用，延長觀察時間，是用于活細胞跟蹤的最理想方法。
脈沖激光散射和吸收程度小，透射性強，對厚樣品的穿透可達400um，是對厚的組織分析的最首先方法。
結合META新技術，尤其對熒光蛋白成像具有更方便，更精確的效果。