一般起病緩慢，少數急驟。病情輕重不一。易反復發作，發作誘因有精神刺激、過度疲勞、飲食失調、繼發感染等。
腹部癥狀
腹瀉：血性腹瀉是UC最主要的癥狀，糞中含血、膿和黏液。輕者每日2～4次，嚴重者可達10～30次，呈血水樣；CD腹瀉為常見癥狀，多數每日大便2～6次，糊狀或水樣，一般無膿血或黏液，與UC相比，便血量少，鮮血色少。
腹痛：UC常為局限于左下腹或下腹部陣發性痙攣性絞痛，疼痛后可有便意，排便后疼痛暫時緩解。絕大多數CD均有腹痛，性質多為隱痛、陣發性加重或反復發作，部分以右下腹多見，與末端回腸病變有關，其次為臍周或全腹痛。
里急后重：因直腸炎癥刺激所致。
腹塊：部分CD可出現腹塊，以右下腹和臍周多見，因腸粘連、腸壁和腸系膜增厚、腸系膜淋巴結腫大所致，內瘺形成以及腹內膿腫等均可引起腹塊。
全身癥狀
貧血：常有輕度貧血，疾病急性爆發時因大量出血，致嚴重貧血。
發熱：急性重癥患者有發熱伴全身毒血癥狀，1/3CD患者可有中等度熱或低熱，間歇出現，因活動性腸道炎癥及組織破壞后毒素吸收引起。
營養不良：因腸道吸收障礙和消耗過多，常引起患者消瘦、貧血、低蛋白血癥等表現。年幼患者伴有生長受阻表現。