(一)關節表現
1. 外周關節病變：多于炎性腸病后出現，有的患者關節病變先于腸道病變幾年出現。表現為少數非對稱性、一過性、游走性周圍關節炎，以膝、踝和足等下肢大關節受累為主，其次是肘、腕或指關節等。任何外周關節均可受累。關節炎嚴重程度與腸道病變嚴重程度相關，并伴炎性腸病治療而消退。多數不遺留關節畸形，偶有小關節和髖關節破壞。可見大關節積液、臘腸指(趾)、肌腱末端病、跟腱和跖底筋膜炎。克羅恩病關節炎可出現杵狀指和骨膜炎[4]。
2. 中軸關節受累：約4%～7%炎性腸病患者在腸道病變前出現明顯的脊柱炎或骶髂關節炎，與腸道病變程度不一定關聯。臨床表現為腰背部、胸、頸或臀部疼痛，腰和頸部運動受限，擴胸度降低。炎性腸病性伴發的脊柱炎在癥狀、體征及X線片表現上難與特發性強直性脊柱炎鑒別。
(二)消化系統表現
患者病程持續時間一般為4~ 6 周以上。
1.腹痛：約80%～90%患者有腹痛，早期與輕型者有腹部不適與脹痛，可由粗糙食物誘發，伴腸鳴音增多。腸腔狹窄引起不全腸梗阻時，有腸絞痛、腸脹氣與腸型。病變累及幽門、十二指腸及胃部者，腹痛酷似消化性潰瘍。回結腸炎的腹痛可經排便和排氣獲得緩解。后期有腹腔內膿腫與瘺管形成，腹痛呈持續性，多局限在右下腹或病變所在處，伴明顯壓痛。
2.腹瀉：85%～90%的患者可有腹瀉，開始為糊樣便，2～3次/日，可自行緩解。每因飲食不當而誘發。重癥或晚期加重，便次增多，可見少量黏液，伴腹部陣痛，頑固難愈。病變累及結腸者出現黏液便或膿血便，肛門直腸受累者常有里急后重。小腸病變廣泛者因吸收不良而有泡沫狀惡臭的脂肪瀉。
3.腹部包塊：約1/3的患者可捫及腫塊，多位于左下腹，可在臍周和下腹，有時經直腸、陰道檢查時發現。腹塊由增厚的腸襻、腹腔內粘連、腫大的淋巴結與瘺管、膿腫等引起，腫塊質地中等、較固定，伴壓痛。
(三)粘膜表現
1. 口腔黏膜病變：克羅恩病常伴牙質、口腔及胃黏膜損害。口腔黏膜損害表現為頰部黏膜及舌側表面和口腔底部有腫脹、結節、疼痛感及潰瘍，特點為分布在黏膜皺褶間凹陷處，呈線形或阿弗他樣潰瘍，邊緣增厚，稍隆起，表面覆蓋白色纖維薄膜，典型的潰瘍稱為“鵝口瘡”樣潰瘍。潰瘍和增生互相交替，形成“鋪路石”樣改變。口腔病變是診斷克羅恩病的重要臨床依據。
2.皮膚粘膜表現：克羅恩病最常見的皮膚病變為結節性紅斑，表現為疼痛、紅斑樣或紫色結節，最常見于腿部，病變呈多發性，可發生于四肢。壞疽性膿皮病較嚴重，可出現壞死性潰瘍，有時病程與腸道炎癥不相一致。典型病變發生于下肢，但也可見于身體任何部位，偶見于手術切口。潰瘍性結腸炎則表現為不常見的較嚴重壞疽性膿皮病。黏膜表現以深在性口腔潰瘍多見。
(四)眼部表現
患者可伴前色素膜炎，多為單側及一過性，易復發。
(五)其他表現
發熱、貧血、營養不良及血管炎(可表現為網狀青斑、血栓性靜脈炎和小腿潰瘍)等均可出現。