1.選擇合適的限制性內切核酸酶完全消化 DNA 樣品。嚴格按照生產商要求設定酶切條件（注意星活性）。
2.將每個酶切的 DNA 樣品及酶切和未酶切的對照 1 ul 載樣至 0.6% (m/V) 微型瓊脂糖凝膠，按照附加方案 1 第 9~10 步進行電泳并照相。如果酶切不完全，增加酶量并延長酶切時間。
3.將 DNA 分子質量標記物、母親樣品、小孩樣品、聲稱的父親樣品和家系外個體對照樣品載樣至 IXTBE 緩沖液浸泡的 20 cm，0.7%~1.0% 分析瓊脂糖凝膠。將 DNA 分子質量標記物載樣至第一個和最后一個點樣孔（或緊靠第一個和最后一個樣品）。
4.以 40V 電泳過夜或直至溴酚藍染料遷移至凝膠的邊緣，電泳緩沖液可回收使用。
5.以溴化乙錠染膠并照相（盡量減少 UV 暴露）以記錄 DNA 消化、遷移距離及 DNA 濃度對比情況（支持方案 1，第 9~10 步）。
6.通過毛細轉移將 DNA 從凝膠轉移至尼龍膜，使用標準 Southern 印跡技術進行電印跡或真空印跡（附錄 3G)。
7.按照標準方案進行探針與膜的雜交。每毫升雜交溶液使用 2 X 105 cpm 探針。
8.根據探針，以嚴格條件洗脫印跡（附錄 3G)。
9.倒掉最終洗脫液，用 Whatman3 MM 濾紙吸去膜上多余的液體。用塑料薄膜包裹膜，與 X 線膠片曝光（如采取夾心三明治的方式），放射性探針曝光 12~48 h，非放射性的時間稍短。
10.一旦自顯影形成，在 350 ml 50°C 的 0.2 mol/L NaOH 溶液中，持續輕柔振蕩，洗滌雜交膜 30 min 以使探針條帶顯現。倒除 NaOH 重復洗滌一次。室溫下，用 350 ml 0.2 mol/L Tris·Cl，PH7.5/2 X SSC 溶液，持續輕柔振蕩清洗印跡約 30 min。再以約 300 ml 2 X SSC 溶液簡單清洗。重復進行另外一個位點探針的雜交或干燥膜，以塑料薄膜包裹，室溫保存至多 5 年。
11.在給膠片標記上樣品名稱前，仔細檢查自顯影像的質量及合適條帶的強度。
12.確定條帶的分子質量大小（如采用 DNAVIEW 時會自動調用 Numonicsdigitizer)。
如果使用了兩種不同的方法確認條帶分子質量大小，比較不同的讀值以確定其準確性，取平均值。每次均須確認家系外個體對照的條帶大小。
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