環氧乙烷滅菌器主要運用于醫療器械，口罩，防護服，護目鏡生產過程中的滅菌消毒，環氧乙烷滅菌器是一種低溫滅菌設備，不損害滅菌的物品且穿透力很強，故多數不宜用一般方法滅菌的物品均可用環氧乙烷消毒和滅菌。例如，電子儀器，光學儀器，醫療器械，書籍，文件，皮毛，棉，化纖，塑料制品，木制品，陶瓷及金屬制品，內鏡，透析器和一次性使用的診療用品等。
