由于環氧乙烷易燃、易爆，且對人有毒，所以必須在密閉的環氧乙烷滅菌器內進行。
（1）環氧乙烷滅菌器及其應用
目前使用的環氧乙烷滅菌器種類很多，大型的容器有數十立方米，中等的有1～10立方米，小型的有零點幾至1立方米。它們各有不同的用途。
大型環氧乙烷滅菌器：
一般用于大量處理物品的滅菌，用藥量為0.8kg/m3～1.2kg/m3，在55℃～60℃下作用6h。
中型環氧乙烷滅菌器：
一般用于一次性使用診療用品的滅菌。這種滅菌設備完善，自動化程度高，可用純環氧乙烷或環氧乙烷和二氧化碳混合氣體。一般要求滅菌條件為：濃度，800 mg/L～1000mg/L；溫度，55℃～60℃；相對濕度60%～80%；作用時間6 h。滅菌完成需抽真空。滅菌物品常用可透過環氧乙烷的塑料薄膜密閉包裝。如果在小包裝上帶有可過濾空氣的濾膜，則滅菌效果更好。
小型環氧乙烷滅菌器：
多用于醫療衛生部門處理少量醫療器械和用品，目前有100%純環氧乙烷或環氧乙烷和二氧化碳混合氣體。這類滅菌器自動化程度比較高，可自動抽真空，自動加藥，自動調節溫度和相對濕度，可自動控制滅菌時間。
對中型和小型環氧乙烷滅菌器的要求是：有較好的耐壓性能和密閉性能，應能承受1.25倍工作壓力的水壓試驗，無變性和滲漏，可以抽真空度至53.3 kPa以上；加藥量準確，保溫性能好，可以調節消毒器內的溫度和相對濕度；消毒后用外環境空氣沖洗時，輸入的空氣經過高效濾器，可濾除≥0.3µ；m粒子的99.6%以上；排出的殘余環氧乙烷經無害化處理，滅菌物品中殘留環氧乙烷應低于15.2mg/m；滅菌環境中環氧乙烷的濃度應低于2mg/m。