生物危害的來源主要有以下4個方面。
致病微生物
首先，來自人和動物、植物的各種致病微生物的危害稱為緊急衛生事件。有史以來，在世界范圍內，有害微生物一方面長期危害人類的健康和生命，另一方面危害農業和畜牧業的發展，給人類文明帶來的災難是十分沉重的。公元5世紀下半葉，鼠疫病菌從非洲侵入中東，進而到達歐洲，造成大約1億人死亡；1845年馬鈴薯晚疫病 （potatolateblight）侵入歐洲，造成歷史上著名的大饑荒，奪去了數十萬人的生命；1933年豬瘟在中國傳播流行造成920萬頭豬死亡；1997年，中國香港發生禽流感事件，不得不宰殺140萬只雞，僅政府賠償損失即達14億港元；2003年在我國暴發的傳染性非典型性肺炎 （嚴重急性呼吸綜合征，SARS）和2004年開始在全球范圍內流行的禽流感，給人民生命健康、社會經濟帶來了嚴重的損害和影響，同時也促進了人們對烈性傳染性疾病病原體危害的認識，引起了各國政府的高度重視和廣大科技工作者的極度關注。
根據導致危害的微生物的類別，可以將生物危害分為細菌危害、病毒危害、真菌危害和寄生蟲危害 。
外來生物
其次，來自外來生物的入侵。雖然在歷史上有不少引進的外來生物使當地人們得益的先例，但是，也有許多由于引進本地區外的外來生物導致的農作物和牲畜死亡以及生物多樣性的下降甚至喪失，從而嚴重危害環境生物安全的情況，這種現象稱之為生物入侵，也有人稱之為 “生物污染”。由于國際貿易、科技交流、教育交流的增加，人員交往頻繁，有很大可能把本來我國沒有的傳染病傳入國內。
轉基因生物
第三，來自轉基因生物可能的潛在危害。隨著現代科學技術的發展，世界上出現了越來越多的轉基因生物。轉基因生物是通過現代生物重組DNA技術導入外源基因的生物，因此從某種意義上說轉基因生物也是外來生物。正如核技術一樣，轉基因技術既可以造福人類又可以危害人類，轉基因生物存在著一定風險。一些科學家認為，轉基因生物有可能對人類健康、農業生物和環境生物構成極大的影響。在此，生物安全是指對由現代生物技術的開發和應用可能產生的負面影響所采取的有效預防和控制措施，目的是保護生物多樣性、生態環境和人體健康。
生物恐怖事件
第四，來自生物恐怖事件。樹欲靜而風不止，第二次世界大戰后半個多世紀以來，不管人類和平事業如何發展，世界局部戰爭或沖突每天都在發生。近年來，恐怖活動愈加猖狂，已經成為世界公害，甚至成為大規模戰爭的導火索。利用致病微生物搞恐怖活動，造成公眾混亂，從而達到自己的政治目的，是當前恐怖主義者的一個重要手段。由于生物恐怖活動具有攻擊對象的廣泛性、手段的多樣性、事件的突發性、后果的延續性、防御的艱難性等特點，給人們帶來的恐懼更大、時間更長，其破壞作用也就更大。生物恐怖活動是指利用生物學手段或傳染因子（如細菌、病毒、真菌等）造成人們的傷害和極度恐懼。它包括投放或針刺傳染性和有毒的生物物質等，如美國遭受炭疽襲擊事件就是一個典型例子。生物恐怖與一般恐怖有所不同，有較長時間極度恐懼的意思，并且包含有想像中的恐懼。生物恐怖還往往與化學恐怖結合在一起，這就使得預防工作增加了不少難度。