載體按功能可分為克隆載體和表達載體。克隆載體是最簡單的載體，主要用來克隆和擴增DNA片段。
主要有質粒載體、噬菌體載體、噬菌粒載體、病毒載體。表達載體除具有克隆載體的基本元件外，還具有轉錄、翻譯所必需的DNA元件，如啟動子和終止子。為了實現外源基因在不同表達載體中進行復制和表達，基因工程操作中常使用穿梭載體( shuttle vector)。穿梭載體含有兩個親緣關系不同的復制子，能在兩種不同的細胞中復制，如既能在原核生物中復制也能在真核生物中復制的載體，不僅具有細菌質粒的復制原點及選擇標記基因，還有真核生物的自主復制序列( ARS)以及選擇標記性狀，具有多克隆位點。