病理學診斷：甲苯胺藍常用于病理學中的染色技術，特別是在腫瘤診斷和分類中。它可以突出顯示細胞核和細胞質中的某些成分，幫助病理醫生識別異常細胞。
感染性疾病診斷：甲苯胺藍染色可以用于檢測某些病原體，如真菌和原蟲，從而輔助診斷真菌感染和原蟲感染等疾病。
神經組織染色：在神經生物學和神經病理學研究中，甲苯胺藍可用于染色神經組織，幫助觀察和分析神經系統的結構和功能。
血液學研究：甲苯胺藍可以用于血液涂片的染色，幫助識別和分類不同類型的血細胞，包括白血病的診斷。
科研實驗：在基礎醫學和生物學研究中，甲苯胺藍常作為實驗染色劑，用于細胞培養、組織切片等領域。
外科手術：在某些外科手術中，甲苯胺藍可以用于標記組織，幫助外科醫生在手術過程中識別和區分不同的組織類型。