電子顯微鏡的缺點

1.在電子顯微鏡中樣本必須在真空中觀察，因此無法觀察活樣本。隨著技術的進步，環境掃描電鏡將逐漸實現直接對活樣本的觀察；
2.在處理樣本時可能會產生樣本本來沒有的結構，這加劇了此后分析圖像的難度；
3.由于電子散射能力極強，容易發生二次衍射等；
4.由于為三維物體的二維平面投影像，有時像不唯一；
5.由于透射電子顯微鏡只能觀察非常薄的樣本，而有可能物質表面的結構與物質內部的結構不同；
6.超薄樣品（100納米以下），制樣過程復雜、困難，制樣有損傷；
7.電子束可能通過碰撞和加熱破壞樣本；
8.此外電子顯微鏡購買和維護的價格都比較高。