電穿孔是用電穿孔器，在細胞溶液中產生靜電場的專用器具進行的。將細胞懸浮液被吸取到一具有兩個鋁玻璃或塑料比色皿電極在其兩側。對于細菌電穿孔，通常使用約50微升的懸浮液。在電穿孔之前，將這種細菌懸液與質粒混合被改變。將混合物移液到比色杯中，設定電壓和電容，并將比色杯插入電穿孔儀中。該過程需要電極和懸架之間的直接接觸。在電穿孔后立即將1毫升液體培養基加入到細菌中（在比色杯中或在Eppendorf管中），并將細菌在細菌的最佳溫度下孵育1小時或更長時間以使細胞恢復并表達質粒，隨后在瓊脂平板上細菌培養。
電穿孔的成功很大程度上取決于質粒溶液的純度，特別是其鹽含量。高鹽濃度的溶液可能會導致放電（稱為電弧放電），這往往會降低細菌的活力。對于該方法的進一步的詳細調查，更應注意的輸出阻抗的穿孔器裝置和所述輸入阻抗的細胞懸浮液（例如鹽含量）。
由于細胞膜不能通過電流（離子通道除外），所以它起電容器的作用。對膜進行高壓電場導致其暫時分解，導致孔大到足以使大分子（如DNA）進入或離開電池 。