電穿孔是具有幾個不同階段的多步驟過程。首先，將短的電脈沖，必須應用。典型的參數是300-400 mV，跨越膜的時間小于1 ms（注意：電池實驗中使用的電壓通常要大得多，因為它們被用于跨越大體積溶液的較大距離，所以橫跨實際膜的結果場只是所施加的偏差的一小部分）。
在施加這個電位時，膜像電容器一樣充電通過周圍溶液中的離子遷移。一旦達到臨界場，就會在脂質形態上發生快速的局部重排。所得到的結構被認為是“預孔”，因為它不導電，但很快導致產生導電孔。這些前毛孔存在的證據主要來自毛孔的“閃爍”，這表明導電和絕緣狀態之間的轉換。
已經提出，這些預制孔是小的（?3）疏水性缺陷。如果這個理論是正確的，那么過渡到導電狀態可以通過在孔邊緣的重排來解釋，其中脂質頭部折疊以形成親水界面。最后，這些導電孔可以愈合，重新密封雙層或擴大，最終破裂。由此得出的結論取決于是否超過了臨界缺陷尺寸，這又取決于所施加的場，局部機械應力和雙層邊緣能量 。