疏水層析其原理如下:蛋白質表面一般有疏水與親水基團,疏水層析是利用蛋白質表面某一部分具有疏水性,與帶有疏水性的載體在高鹽濃度時結合。在洗脫時,將鹽濃度逐漸降低,因其疏水性不同而逐個地先后被洗脫而純化,可用于分離其它方法不易純化的蛋白質。