臨床表現
潛伏期3～21天，平均7～10天，典型臨床經過分3期。
卡他期或稱痙咳前期
起病時有咳嗽、打噴嚏、流涕、流淚，有低熱或中度發熱，類似感冒癥狀。3～4天后癥狀消失，熱退，但咳嗽逐漸加重，尤以夜間為重。此期傳染性最強，可持續7～10天，若及時治療，能有效地控制本病的發展。
痙咳期
卡他期未能控制，患者出現陣發性痙攣性咳嗽，其特點是頻繁不間斷的短咳10余聲，如呼氣狀態，最后深長呼氣，此時由于咳嗽而造成胸腔內負壓，加之吸氣時，聲帶仍處于緊張狀態，空氣氣流快速地通過狹窄的聲門而發出一種雞鳴樣高音調的吸氣聲，接著又是一連串陣咳。如此反復發作，一次比一次加劇，直至咳出大量黏稠痰液和嘔吐胃內容物而止。痙咳發作前有誘因，發作時常有喉癢、胸悶等不適預兆。患兒預感痙咳來臨時，表現恐懼，痙咳發作時表情是痛苦的。痙咳時由于胸腔內壓力增加，上腔靜脈回流受阻，頸靜脈怒張，眼瞼及顏面充血水腫，口唇發紺，眼結膜充血，如毛細血管破裂可引起球結膜下出血及鼻出血。有的患者舌向齒外伸，與門齒摩擦，常見有舌系帶潰瘍。有的患者因陣咳，腹壓增高使大小便失禁及出現疝癥。此期如無并發癥發生，一般持續2～6周，也有長達2個月或以上。嬰幼兒和新生兒疫咳癥狀比較特殊，無典型痙咳，由于聲門較小可因聲帶痙攣和黏稠分泌物的堵塞而發生呼吸暫停，因缺氧而出現發紺，甚至于抽搐，亦可因窒息而死亡。成人或年長兒童，疫咳癥狀輕，而且不典型，主要表現為干咳，無陣發性痙咳，白細胞和淋巴細胞增加不明顯，大多被誤診為支氣管炎或上呼吸道感染。
恢復期
陣發性痙咳次數逐漸減少至消失，持續2～3周好轉痊愈。若有并發肺炎，肺不張等常遷延不愈，可長達數周之久。
并發癥
支氣管肺炎
支氣管肺炎為最常見的并發癥，多為繼發感染所致，可發生在病程中任何時期，但以痙咳期多見。發生支氣管肺炎時，陣發性痙咳可暫時消失，而體溫突然升高，呼吸淺而快，口唇發紺，肺部出現啰音，外周血白細胞升高，以中性粒細胞升高為主，X線胸片檢查可見肺炎病變。
肺不張
肺不張是由支氣管或細支氣管被黏稠分泌物部分堵塞，多見于肺中葉和下葉，可能與中葉分泌物引流不暢有關。
肺氣腫及皮下氣腫
由于痙咳及分泌物阻塞，可導致肺氣腫，當肺泡高壓，肺泡破裂可引起肺間質氣腫，通過氣管筋膜下產生頸部皮下氣腫，通過肺門可引起縱隔氣腫，通過胸膜臟層可產生氣胸。
疫咳腦病
疫咳腦病是最嚴重的并發癥，發生率2%～3%，主要發生于痙咳期，表現為反復抽搐，意識障礙，高熱，甚至出現腦水腫、腦疝而危及生命。發生機制是由于痙咳而引起腦血管痙攣，導致腦缺氧，腦出血所致。
其他
原有較嚴重心血管疾病可引起心力衰竭。原有結核病可致活動。此外，由于長期經常性嘔吐、厭食造成營養不良。舌系帶與下切齒磨擦而致舌系帶潰瘍，由于劇咳時腹腔壓力增高，可致臍疝、腹股溝疝、直腸脫垂等。