疫情在亞歐兩地平行傳播：新冠病毒的競爭迭代

最近，在《國家科學評論》（National Science Review，NSR）發表的一篇研究論文中，來自中山大學、中國科學院昆明動物研究所、國家生物信息中心、芝加哥大學的科學家們尋找在2019年底和 2020年初期間，新冠病毒在世界各地的人群里的初始演化。論文的結論是亞洲的毒株雖然最早引發人們對公共衛生的關注，但是在2019年秋季前，新冠病毒已經分別在亞洲和歐洲緩慢地傳播了。競爭的結果是，到2020年4月時，亞洲的毒株已經完全被歐洲毒株取代了。

關于病毒起源和疫情傳播，要區分 “病毒起源地”與“疫情暴發地”這兩個不同的概念。任何生物的起源，無論是人、狗或被子植物，往往都有一個漫長的進化過程，生物特征會在這個過程中一步步形成。病毒起源地（即PL0）應當是人跡稀少，動物宿主的棲息地，病毒得以在此處與其動物宿主展開“軍備競賽”。隨后，病毒進化成熟后再擴散到沒有免疫的人群。疫情暴發地（即PL1），準確來講與PL0有所不同，原因是PL1里的人群對此種病毒沒有免疫力，說明人群事先并沒有接觸過這種病毒。簡言之，病毒起源地必須有一定的條件讓病毒在一個漫長的過程里，逐步從動物傳播到人類。到目前為止，新冠病毒的原發地仍然沒有清晰的科學證據和確定結論。

從人口健康的角度來看，真正重要的問題不是病毒的起源，而是疫情的擴散。病毒離開原發地之后開始傳播。雖然初始時最受矚目的是第一疫情區，也就是第一個正式報道疫情的地方，但病毒很可能從起源地入侵幾個不同的地方，從而引發疫情。

過去研究焦點放在一株一株的病毒分析。因為毒株數量巨大，有幾百萬條序列，一條條來看很容易忽視初始的變化。NSR 的研究把焦點放在對突變位點的研究上。總數不到一百個，因此很容易掌握病毒早中晚期的演化。研究人員發現病毒的演化是一波波“突變群”的更迭取代。從2020年初到2021年底，新冠疫情至少有5波的“突變群”。每一波由一個帶有新突變群的毒株引發。2020年初的第一波“D614G突變群”非常特別，也是 NSR 研究的關注點。這一群的4個突變（簡稱 DG組突變）在人群傳播之后，不但沒有消失，反而成了整個疫情的奠基石。更重要的是疫情在2020年初剛開始時，DG組在歐洲已經是主要的毒株（2019 年9月已經在意大利發現）。2020年3月之前，DG組沒在中國發現，在亞洲也極少見。

上述結果顯示，新冠病毒早期分別在亞洲與歐洲兩地獨立傳播。（也可能有其他的獨立傳播途徑，但是2020年初的數據量太少，不足為證。）DG組突變在歐洲出現，進而擴散全球。在這之后，又有4波新的毒株傳播，包括最近的Delta 株，都是從DG毒株持續進化而來的。在新冠病毒的流行演變過程中，變異毒株的取代更迭已經發生了多次，后續還有發生新的更替的可能。

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