病原檢測主要指用病毒分離培養、電鏡形態觀察、病毒抗原檢測和基因測定等方法從宿主標本中直接檢測病毒或病毒基因。由于前兩種方法難度大，且需要特殊設備和專業技術人員。因此僅抗原檢測和RT-PCR(反轉錄－PCR)可用于臨床診斷。HIV-1P24抗原檢測可用于HIV-1抗體不確定或窗口期的輔助診斷；HIV-1抗體陽性母親所生嬰兒早期的輔助鑒別診斷；第四代HIV-1抗原/抗體ELISA試劑檢測呈陽性，但HIV-1抗體確認陰性者的輔助診斷。P24抗原檢測一般用ELISA雙抗體夾心法試劑，試劑必須經過SDA批準注冊、在有效期內，其陽性結果必須依據試劑說明書經中和試驗確認。HIV-1P24抗原檢測的敏感性為30-90%，該結果僅作為HIV感染的輔助診斷依據，不能據此確診；HIV-1 P24抗原檢測陰性只表示在本試驗中無反應，不能排除HIV感染，臨床中一般不作為常規診斷項目。
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