1、一般細菌涂片檢查：挑選痰液中膿性或帶血部分，涂成均勻薄片，行革蘭氏染色，鏡檢。
根據其細菌形態，排列和染色性，大致可以初步推定菌屬（或種）如鏡見排列成葡萄狀的革蘭氏陽性球菌，可報告為：「找到革蘭氏陽性球菌，形似葡萄球菌」；如見到爪子仁形或矛頭狀的尖端相背，成雙排列，具有明顯莢膜的革蘭氏陽性球菌時，可報告為：「找到革蘭氏陽性雙球菌，形似肺炎鏈球菌」；如查見短而粗的革蘭氏陰性桿菌，排列多成雙且有明顯莢膜時，可報告為：「找到革蘭氏陰性桿菌形似肺炎克雷佰菌」；如查見不易識別的細菌，則報告為：「找到革蘭氏×性×形細菌。
2、培養
（1）痰培養前的處理：由于痰含有正常菌群，影響病原菌的檢出，采用以下方法以減少正常菌群。將痰加入含有
15-20 ml 滅菌生理鹽水的試管中，劇烈振蕩
5-10s，然后用接種環將沉淀于管底的膿痰小片沾出，再放入另一試管內，以同樣的方法反復二次，最后將剩余的膿痰接種在培養基上。
（2）選擇培養基：下呼吸道的病原菌種類繁多，除一般細菌外，還有結核菌、真菌、厭氧菌等。所以，除基本分離培養外，還須用特殊培養基和適當的培養環境。一般須用以下幾種分離方法。
a）血平板：適用于分離各類細菌，特別是β溶血性鏈球菌、葡萄球菌。血平板放 CO2 或厭氧環境易于分離肺炎鏈球菌和β溶血性鏈球菌。
b）巧克力平板于 CO2 環境下分離嗜血桿菌，腦膜炎奈瑟氏菌。
其它：TTC-沙保弱氏培養基，改良羅氏培養基，厭氧環境等。
3、報告方式：
檢出致病菌時，除報告該菌的鑒定名稱外，還需同時報告正常菌群的情況。通常以報告草綠色鏈球菌和奈瑟氏菌作為正常菌群存在的指標。報告的各種細菌應該注明各自所占比例情況，以「＋」號表示。如草綠色鏈球菌（＋），奈瑟氏菌（＋），肺炎克雷伯氏菌（＋＋）。此報告表明肺炎克雷伯氏菌在數量上多于正常菌群，診斷為病原菌。未檢出致病菌時，應報告「正常菌群」。