鹽酸胺碘酮口服對心臟結構的影響主要是通過延長心肌細胞的動作電位和有效不應期來起作用。這種作用有利于消除折返激動，從而減少心律失常的發生。同時，鹽酸胺碘酮還具有輕度非競爭性的α-及β-腎上腺素受體阻滯作用，以及輕度I及IV類抗心律失常藥性質，這些作用共同幫助控制心率和心律。
具體來說，鹽酸胺碘酮口服后，可能會減慢心率15～20%，使PR和Q-T間期延長10%左右。它對冠狀動脈及周圍血管有直接擴張作用，并可能影響甲狀腺素代謝。這些作用有助于改善心臟的血液供應和減輕心臟的負擔，從而對心臟結構產生積極的影響。