從GB 4789中可以看出，顯色培養基、微生物鑒定系統已被廣泛應用，沙門氏菌、單增李斯特菌、阪崎腸桿菌、副溶血弧菌可采用全自動微生物檢測鑒定系統，除此之外，還有以下方法也被國標應用：
（1）GB 4789.6-2016食品微生物學檢驗致瀉大腸埃希氏菌檢驗中提到，取生化反應符合大腸埃希氏菌特征的菌落進行PCR確認試驗。
（2）GB 4789.10-2016食品微生物學檢驗金黃色葡萄球菌檢驗中關于金葡腸毒素檢測，可用A、B、C、D、E型金黃色葡萄球菌腸毒素分型酶聯免疫吸附試劑盒完成。
（3）GB 4789.12-2016食品微生物學檢驗肉毒梭菌及肉毒毒素檢驗毒素基因檢測采用PCR進行擴增和檢測。
（4）GB 4789.36-2016食品微生物學檢驗大腸埃希氏菌O157:H7/NM檢驗，可用免疫磁珠捕獲法檢測，此外，毒力基因檢測采用PCR進行擴增和檢測。
（5）GB 4789.42-2016食品微生物學檢驗諾如病毒檢驗采用實時熒光RT－PCR方法進行檢測。
（6）GB 14934-2016食品安全國家標準消毒餐（飲）具可采用餐具大腸菌群紙片法進行檢測。