直腸指檢不需任何輔助設備。檢查時，醫生右手戴上消毒手套，食指和病人肛門外部都涂上一些潤滑油或凡士林，現一般常用液體石蠟油。
檢查方法是：檢查者右手食指戴指套，涂潤滑劑（常用肥皂液，液體石臘或凡士林），以方便將其插入肛門內并可減輕病人不適。先檢查肛門緣周圍皮膚，如有紅腫、壓痛、硬塊，常提示有肛周膿腫；前后正中處有觸痛，常提示可能有肛裂，可進一步扒開肛門看是否有肛管裂口；肛門緣外有潰破口并伴皮下有條索狀物通向肛內，常為肛瘺。肛緣周圍檢查完畢后，右手食指輕輕按摩肛緣，同時囑病人作深呼吸以減輕腹壓，使括約肌松弛，然后將食指慢慢伸入直腸；若突然將手指插入肛門，括約肌會因突然受到刺激而痙攣，不僅不易插入，并將產生疼痛。