第一代指雙脫氧末端終止法，擴增后通過毛細管電泳讀取序列，每次獲取數據量少第二代為高通量測序，采用微珠或高密度芯片邊合成邊測序，代表有454，solexa，solid，高通量，可一次獲得數G數據，相對與第三代，都仍然需要擴增的方法放大信號，擴增后再檢測。第三代特點是單分子測序，多基于納米科技，無需擴增，對單分鏈DNA/RNA直接用合成、降解、通過納米孔等方式直接測序，核心特點是無需擴增所以成本更低
