①真核細胞具有由染色體、核仁、核液、雙層核膜等構成的細胞核;原核細胞無核膜,故無真正的細胞核,僅有由核酸集中組成的擬核。②真核細胞的轉錄在細胞核中進行,蛋白質的合成在細胞質中進行,而原核細胞的轉錄與蛋白質的合成交聯在一起進行。③真核細胞有內質網、高爾基器、溶酶體等細胞器,原核細胞沒有。④真核生物中除某些低等類群(如甲藻等)的細胞以外,真核細胞的染色體上都有5種或4種組蛋白與DNA結合,形成核小體;而在原核生物,雖然普遍都有堿性蛋白與DNA相結合,但有關的堿性蛋白與真核細胞的組蛋白是不同的。⑤真核細胞在細胞周期中有專門的DNA復制期(S期);原核細胞則沒有,其DNA復制常是連續進行的。⑥真核細胞的有絲分裂是原核細胞所沒有的。⑦真核細胞有發達的微管系統,其鞭毛(纖毛)、中心粒、紡錘體等都與微管有關。雖則有少數報道說在有的原核生物體內也看到了微管樣的結構,但細菌的鞭毛與微管畢竟是不相干的。⑧真核細胞有由肌動、肌球蛋白等構成的微纖維系統,后者與胞質環流、吞噬作用等密切相關;而現存的原核生物卻沒有這種系統,因而也沒有胞質環流和吞噬作用。⑨真核細胞的核糖體為80S型,原核生物的為70S型,兩者在化學組成和形態結構上都有明顯的區別。真核細胞的核糖體中普遍具有獨立的5.8SrRNA分子微胞子蟲為唯一的例外,而原核細胞則沒有。⑩真核細胞含有的線粒體,為雙層被膜所包裹,有自己特有的基因組、核酸合成系統與蛋白質合成系統,其內膜上有與氧化磷酸化相關的電子傳遞鏈。原核細胞功能上與線粒體相當的結構是質膜和由質膜內褶形成的結構,但后者既沒有自己特有的基因組,也沒有自己特有的合成系統。植物的真核細胞中含有葉綠體,它們亦為雙層膜所包裹,也有自己特有的基因組和合成系統。與光合磷酸化相關的電子傳遞系統位于由葉綠體的內膜內褶形成的片層上。原核生物中的藍細菌和光合細菌,雖然也具有進行光合作用的膜結構,但比葉綠體簡單得多。
過去由于不知道古細菌的存在,曾錯把真細菌類特有的一些與真核生物的差異當作是原核生物與真核生物的根本差異。例如,真細菌類的壁含有由二氨基庚二酸和胞壁酸構成的肽聚糖層,這是真核生物所沒有的,過去就認為這是兩大類生物的重要差別,殊不知古細菌類的壁中也不含這種成分。又如真細菌類在蛋白質合成時所用的發端性氨基酰tRNA是甲酰蛋氨酰tRNA,而真核生物所用的卻是蛋氨酰tRNA。過去也曾認為這是原核生物與真核生物的根本差異,其實古細菌所用的也是蛋氨酰tRNA。此外,真細菌類的蛋白質合成對白喉毒素全無反應,而原細菌類卻像真核生物那樣對之非常敏感。真核生物的DNA中含有大量重復序列,真細菌類則沒有,但已知有的原細菌DNA中也是含有重復序列的。
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