體征
1.念珠菌腸炎最常見，好發于兒童，尤其是營養不良或嚴重衰竭的嬰兒。主要表現為腹瀉，大便每天10～20次，呈水樣或豆腐渣樣，泡沫比較多且呈黃綠色，可伴有腹脹、低熱，甚至嘔吐，但腹痛少見。糞標本碘涂片可見大量出芽酵母和菌絲，培養多為白色念珠菌。患兒常伴有鵝口瘡。有基礎疾病的患者則往往于發病前有應用廣譜抗生素史。免疫缺陷患者易發展為播散性念珠菌病。如按一般細菌性腸炎治療，癥狀反而加劇，腹瀉呈遷延性經過，常數月不愈，且愈后易復發。
2.曲菌腸炎好發于有基礎疾病的體力勞動者，多為煙曲菌所致。由于煙曲菌并非腸道正常菌群，故感染是外源性的，往往繼發于肺曲菌病。曲菌有侵犯血管之傾向，菌絲可穿入血管壁導致血栓形成。曲菌腸炎的臨床表現以腹痛和血便為主，可引起消化道大出血，而腹瀉常不典型，也缺乏念珠菌腸炎的遷延性經過，侵犯血管后易發展為播散性曲菌病。
3.毛霉菌腸炎因攝入被真菌孢子污染的食物所致，好發于營養不良的兒童或有胃腸道慢性疾病的患者。臨床表現由于受累部位和感染程度的不同而差異較大。其特點是血管栓塞后引起黏膜潰瘍甚至穿孔的表現，多伴有胃的感染和胃潰瘍。可出現腹痛、腹瀉、嘔血和黑便，或腸穿孔導致腹膜炎，或侵入胃腸血管導致血行播散，病情發展快，病死率高。
4.組織胞漿菌腸炎具有地方流行性，多見于艾滋病患者或兒童，因吸入或攝入來自污染土壤中的孢子所致。臨床經過酷似局限性腸炎或潰瘍性結腸炎。起病緩慢，有發熱、消化不良、腹瀉、黑便、腹痛，有時嘔吐。常伴有肺部感染灶，但以腸炎為主要表現。
5.副球孢子菌腸炎繼發于肺部感染灶或經血行播散而感染。本病亦具有地方流行性。主要見于巴西中部高原，經常接觸土壤的人群較易患此病。病變多在回盲部，引起有膿腫形成的潰瘍性肉芽腫。病原菌可通過淋巴播散至局部淋巴結、肝、脾。主要癥狀是腹痛，右下腹可觸及腫塊，伴腹瀉、嘔吐，往往由于出現腹水和腹腔淋巴結腫大而易誤診為結核或腫瘤。
6.地絲菌腸炎地絲菌和念珠菌相似，是一種內源性條件致病菌。地絲菌腸炎多見于有免疫缺陷的慢性病患者和應用免疫抑制藥、抗生素或糖皮質激素者。癥狀有腹痛、腹瀉、膿血便或黏液便，與痢疾相似，但膿血便中可查到大量地絲菌和長方形關節孢子。患者多伴有口腔地絲菌病，類似鵝口瘡。
病理
引起真菌性腸炎的病原主要是念珠菌，其次是曲菌、毛霉菌、組織胞漿菌、副球孢子菌和地絲菌等。偶見球孢子菌、馬爾尼菲青真菌和新型隱球菌。念珠菌廣泛存在于自然界，也是人體正常菌群之一，為條件致病性真菌中的主要一屬，共有150余種。其中以白念珠菌和熱帶念珠菌最常見，且致病性較強。念珠菌為雙相型真菌，酵母體呈卵圓形或圓形，帶有單個芽生孢子，直徑2.5～5μm，可相互連接形成假菌絲，菌絲體長為5～10μm，可見成串的孢子。在培養基上24h可形成較大的頂端厚壁孢子，而在含血清沙保培養基上37℃1～3h可見芽管形成。念珠菌胞壁上所含甘露糖蛋白是血清學診斷的靶抗原。曲菌屬于子囊菌亞門，有性孢子為子囊孢子，無性孢子為分生孢子，但有些種單營無性生殖。曲菌共有132個種和18個亞種。致病菌主要是煙曲菌、黃曲菌、黑曲菌等10種。病灶中的曲菌孢子大小約3～4μm，形狀不整，密集成群。曲菌菌絲長短不一，多呈桿狀，有分隔，直徑較孢子稍大，菌絲呈銳角分支，并有多根菌絲朝同一方向反復分支的傾向，排列呈放射狀或珊瑚狀。毛霉菌屬于接合菌亞門，有性孢子為接合孢子，無性孢子為孢子囊孢子。菌絲不分隔，較粗大，壁厚具有折光性。約為曲菌菌絲的2～3倍，呈直角分支，可見膨大細胞及彎曲菌絲；孢子囊柄直接由菌絲長出。致病菌以毛霉科中的根霉屬、毛霉屬、犁頭霉屬等3類最為常見，特別是根霉屬中的少根根霉和米根霉，常侵犯胃腸道。
組織胞漿菌有莢膜組織胞漿菌和非洲組織胞漿菌之分，屬不全菌亞門，為雙相型真菌。在組織內和37℃培養基中呈酵母型。直徑2～4μm；在室溫下生長緩慢，為白色菌絲集落，有典型的齒輪狀大分生孢子。菌絲分隔，傳染性很強。副球孢子菌亦為雙相型，在自然環境中或在25℃沙保培養基上呈菌絲相生長，菌落小，鏡下可見寬1～2μm有分隔的分支菌絲，在菌絲兩側有圓形或卵圓形、約3～6μm大小的側生小分生孢子。在組織內或在37℃血瓊脂上呈酵母相生長，形成大的卵圓形或球形酵母體，直徑10～60μm，周圍環繞多個芽生孢子，小者1～2μm，大者10～30μm。地絲菌為酵母樣真菌，屬于不全菌亞門，叢梗孢科，地霉屬。糞等標本直接涂片經10%氫氧化鉀溶液處理后，鏡下可見細的分隔菌絲，以及長方形關節孢子，約4μm×8μm大小，革蘭染色陽性，兩個關節孢子之間無間隙，有時關節孢子一角有芽管生出。偶見圓形孢子，胞壁增厚。