真菌性食管炎(fungous esophagitis)的病原菌以念珠菌最為多見,其中最常見的是白色念珠菌,其次是熱帶念珠菌和克魯斯念珠菌,其他少見的有放線菌、毛霉菌以及一些植物真菌等,這些菌是從外環境中獲得的,而不是內生菌叢,其所引起的原發性食管感染僅見于嚴重免疫低下的病人。