繼發性黏液囊腫（20%）：
鼻竇黏液囊腫的確切病因仍有爭論，一般認為可能為先天性自然竇口狹小或多種原因所致的竇口阻塞，最常見的為鼻竇慢性炎癥，變態反應性水腫及息肉等，腫瘤，特別是篩，額竇基底細胞癌，轉移性腫瘤，累及鼻額管的骨折，先前的鼻竇手術等亦可產生竇口的阻塞而繼發鼻竇的囊性擴張，黏液潴留并進行性加壓使囊腫充滿于鼻竇，繼而侵蝕和穿過眶壁并使眶內軟組織移位，此稱為繼發性黏液囊腫。
原發性黏液囊腫（20%）：
另一種理論認為小囊腫發生在鼻竇的襯里，也許來源于腫脹的高腳杯細胞(goblet-cell)，當囊腫增大，最終使鼻竇關閉，囊腫壓迫和侵蝕相鄰骨質，此稱為原發性黏液囊腫。
鼻竇分泌物蛋白質含量過高（20%）：
20世紀70年代以來，認為黏液囊腫是由于鼻竇分泌物蛋白質含量過高所產生的一系列生化和免疫反應所致，即竇內滲透壓增高，吸收水分充滿于竇腔而致竇內壓力增高，骨壁內的破骨細胞被前列腺素，甲狀腺素，維生素D等激活，同時淋巴細胞產生的破骨細胞激活因子亦參與，使竇壁被破壞。