脂肪酸β-氧化的過程是在粒線體中進行。脂肪酸是一種很長的碳鏈,氧化時以兩個碳為一個單位逐漸減短。每一次縮短都要經過四個步驟:由酰基輔酶A變成烯酰輔酶A、羥脂酰輔酶A、酮脂酰輔酶A最后再回到酰基輔酶A。但是代謝不同長度的脂肪酸有時需要不同的酶,使得參與的酶種類增加,所引起之疾病也更為復雜。
短鏈酰基輔酶A脫氫酶缺乏癥由負責代謝短鏈脂肪酸的酶發生缺損所導致,因其臨床表現無特異性,而增加診斷上的困難。