分選型流式細胞儀的一個關鍵參數是延遲時間，細胞由激光檢測點運動到偏振板所用時間為延遲時間。如上圖所示，激光檢測點可設置在流動室（石英杯激發），亦可設置在流動室外（空氣激發），對應不同的延遲時間t1和t2。那么石英杯激發、空氣中激發這兩種激發方式有何區別呢？細胞在聚集后排成一列，在流動室中速度相對較慢，流出流動室區域后細胞會被加速。
石英杯激發的好處在于：激光在細胞流速相對較慢的流動室區域被激發，激光照射時間更長，可在低功率激光器條件下獲得較高的檢測靈敏度。同時，優于激光器功率降低了就不許再配套特殊的激光冷卻系統了。缺點在于：細胞經歷了流動室慢速區和流動室外加速區兩個速度不同的區域，會給后續實驗缺點延遲時間t帶來一定困難。
相對的，空氣中激發細胞運動速度恒定，延遲時間t較好設置。但是對于儀器配置要求較高，需要高功率激光器甚至專用激光器冷卻系統。