核酸鏈間腺嘌呤和尿嘧啶（RNA）或胸腺嘧啶（DNA）以及鳥嘌呤和胞嘧啶的專一氫鏈結合。
分子雜交技術就是根據堿基配對的原理設計的。
堿基配對后形成堿基對（basepair，bp），常用作DNA分子的量度，如人類的線粒體DNA為16569bp。
配對的堿基互稱互補堿基（complementary base），若一條核酸鏈的堿基序列與另一條核酸鏈的堿基序列反平行配對，則二者互稱互補鏈（complementary strand），如與RNA互補的DNA稱互補DNA（cDNA）。
